以前使用されていた日本脳炎ワクチン（マウス脳由来）は、ADEM（急性散在性脳脊髄炎）との関係を否定できないとされ、2005年に積極的推奨が差し控えられました。ADEMは、ワクチン接種後にまれに発症し後遺症が残ることがある脳神経系の病気です。
早期の予防接種再開が課題となる中、2009年に新しいタイプのワクチン（乾燥細胞培養日本脳炎ワクチン）が承認され、2010年より勧奨接種が再開されました。積極的推奨の差し控えにより、小児における抗体保有率が落ち込みましたが、現在では高い水準にまで回復しています。

勧奨差し控え期間中にワクチン接種を控えていた人（2007年4月1日までに生まれた20歳未満の人）は、接種対象期間を過ぎていても予防接種が受けられるよう救済措置がとられています。詳しくは、お住まいの自治体にお問い合わせください。